Агенция към Министерство на земеделието и храните ще сертифицира средствата от европейските земеделски фондове, реши Министерският съвет. Изпълнителна агенция „Сертификационен одит на средствата от европейските земеделски фондове" ще извършва одит за верността на финансовите отчети и изградената система за контрол в Разплащателната агенция на България по Европейския фонд за гарантиране на земеделието (ЕФГЗ) и Европейския земеделски фонд за развитие на селските райони (ЕЗФРСР). Ще защитава финансовите интереси на Съюза по отношение на направени авансови плащания, получени гаранции, интервенционни резерви, както и сумите за получаване.

Агенцията ще изготвя доклад със своите констатации за одитирания период, както и допълнителни доклади след искане и указания на Европейската комисия. Структурата ще бъде второстепенен разпоредител с бюджет към министъра на земеделието и храните.

При осъществяване на функциите си агенцията ще е оперативно независима както от Разплащателната агенция, така и от органа, който я е акредитирал. Издръжката й ще се формира от бюджетни средства и от приходи от собствена дейност. Числеността на персонала ще бъде 22 щатни бройки, като изпълнителният й директор ще се назначава от министъра на земеделието и храните, съгласувано с министър-председателя.